Assim surgem os nomes: Ilha Grande, Angra dos Reis Magos, Pico do Frade e Ponta Fragosa, que orientarão os novos aventureiros. Mas, o descobrimento desta região não deve ser confundido com o início de seu povoamento por portugueses. Ela começa a ser povoada somente por volta de 1530, quando a Expedição de Martin Afonso de Souza vem ao Brasil em busca do caminho para as Minas de Potosi. Funda ele o povoado de São Vicente e dá porções de terras para que alguns viajantes fiquem morando no Brasil. Estes moradores, os "vicentinos", aos poucos vão se espraiando pelo litoral na direção norte e sul, criando pequenos povoados. Moradores de São Vicente chegam à região de Angra dos Reis em 1556, quando Antonio de Oliveira e sua mulher Da. Genebra Leitão de Vasconcelos recebem uma sesmaria na Ilha Grande.
Esta região era muito visitada por navios franceses em comércio com os índios tamoios. Já haviam estado na região, entre outros, o aventureiro e cronista alemão Hans Staden e o Pe. José de Anchieta. Hans Staden conta em livro a sua permanência como prisioneiro dos índios tamoios, na aldeia do chefe Cunhambebe, em 1554. Na crônica de suas viagens refere-se, especificamente, às aldeias do Cairuçu (Ocara Açu) do Ariró, Mambucaba e Taquari. Ao Padre José de Anchieta se atribui a denominação de uma enseada na região da Cajaíba, o Pouso, onde teria ele dormido, em 1563, quando viajava como refém dos Tamoios para Iperoig, na região de Ubatuba. 
Vindos de São Vicente ou da Ilha Grande aqui chegam os primeiros povoadores, no final do século XVI. Mas, não existe, ou pelo menos não se conhece, qualquer documento que informe a data destes acontecimentos, por isso não se sabe a data de fundação de Paraty.
Outros escritores, porém, informam que a fundação do povoado, sob a proteção de São Roque, aconteceu quando da passagem da expedição de Martim Afonso de Souza, em sua viagem do Rio de janeiro a São Vicente, pela costa, em 1531, no dia 16 de Agosto, dia de São Roque. 
A primeira citação do nome Paraty, somente vai aparecer em 1596, quando por aqui passou a expedição de Martim Corrêa de Sá que, vinda do Rio de Janeiro, daqui partiu com mais de 2.700 homens entre índios e soldados, para a região do Vale do Paraíba buscando aprisionar índios para escravizá-los. Para atingir as terras do vale a expedição utilizou-se de uma antiqüíssima trilha de índios que cortava a Serra do Mar, a "Trilha dos Guaianás". Na descrição de suas aventuras, Anthony Knivet, um aventureiro inglês e participante da expedição, diz que no porto de Paraty viviam os índios Guaianás, amigos dos portugueses, com quem faziam negócios. Não fala, porém da presença de portugueses aqui.
O certo é que a partir de então este lugar passa a ser um ponto de entrada e passagem obrigatória para os que buscavam o sertão, subindo o caminho da serra. Vindos do Rio de Janeiro, em barcos, daqui subiam a serra até atingir São Paulo e o interior e por aqui entravam as mercadorias vindas da Europa. Em virtude da movimentação existente nesta região, do desenvolvimento do comércio de gêneros alimentícios, tecidos e especiarias, enriqueceu o povoado. 
Da antiga situação, sobre o Morro do Forte, mudou-se o povoado para a várzea entre os rios Paraty-Guaçu e Patitiba, parte de uma sesmaria de Maria Jácome de Melo e por ela doada para a construção do novo povoado. Junto ao Rio Paraty-guaçu construiu-se uma pequena capela dedicada a N. S. dos Remédios, atendendo a uma exigência da doadora. A outra exigência da doadora era que não se molestassem os índios que aqui viviam, o que não se cumpriu. Aqui instalado mais rápido cresceu o povoado que era parte integrante da Vila de N. S. da Conceição da Ilha Grande.
Em l644, por vontade de seus moradores, investiu-se no título de vila, mas aos 26 de julho do mesmo ano o Ouvidor Geral João Velho de Azevedo a fez retornar à jurisdição da Ilha Grande. Logo depois, em 1660, outra revolta popular liderada pelo Primeiro Capitão Domingos Gonçalves d'Abreu separa Paraty da Ilha Grande. Duraram sete anos as desavenças entre as duas vilas: Ilha Grande defendia o retorno da subordinação do povoado, alegando ser Paraty um couto de malfeitores, sem Justiça e Câmara formada; Paraty buscava sua emancipação falando do movimento do porto e de sua posição estratégica na entrada do caminho para o sertão. Em Carta Régia de 28 de Fevereiro de l667, Dom Afonso VI reconheceu a nova vila com o nome de Vila de Nossa Senhora dos Remédios de Paraty. Em Outubro do mesmo ano instalou-se a primeira Câmara Municipal e nomearam-se os Juízes e autoridades da nova vila. Estes acontecimentos aceleraram o desenvolvimento comercial, o plantio de cana-de-açúcar e fabricação de aguardente e açúcar.
A descoberta de ouro no interior das Minas Gerais, no final do século XVII transformou a Vila de Paraty na porta de entrada para os que, aos milhares, buscavam enriquecer no "eldorado" brasileiro. Seu porto passa a ser então o porto de embarque do ouro e pedras preciosas para a cidade do Rio de Janeiro, de onde seguia para Lisboa. Grande quantidade de ouro e riquezas passou por este porto, protegido por suas muitas fortificações ao longo da baía e pela Milícia da Vila. 
Seu porto passa a ter intenso movimento com a entrada de tecidos, ferramentas, gêneros alimentícios e escravos para abastecer São Paulo e as minas. A isso se soma a grande produção de aguardente, embarcada para a Europa como aperitivo, levada como dinheiro para a compra de escravos na África e transportada para a minas para "alimentar" os escravos.
No início dos Setecentos estes fatos fazem surgir na vila casas de alvenaria de pedra; duas novas igrejas; a complementação do traçado urbano com a abertura de novas ruas e sua ocupação; a construção de fortalezas; duas Casas de Registro de Ouro, uma na Estrada da Serra, a da Cachoeirinha e na estrada de Ubatuba a do Curralinho. Paróquia desde a criação da vila, em 1725 foi elevada à condição de Paróquia Colativa. Em 1720, quando foi criada a Província de São Paulo, independente das Minas Gerais, Paraty ficou incorporada a ela, mas, a Carta Régia de 16 de Janeiro de 1726 anexa esta vila à Província do Rio de Janeiro.